Průkaz koně je povinným identifikačním dokladem vydávaným v souladu s nařízením Komise (EU) č.2015/262. Každý koňovitý musí být vybaven průkazem před opuštěním hospodářství, ve kterém se narodil, nejpozději do 12 měsíců stáří.

Průkaz koně vydá ÚEK na základě provedené registrace a žádosti majitele, za níž je považován zelený PL nebo "Hlášení o registraci koně narozeného v ČR" (u koní registrovaných bez připouštěcího lístku) nebo "Hlášení o trvalém dovozu koně", pokud kůň dovezený ze třetích zemí nemá průkaz koně vystavený v souladu s přímo použitelnými předpisy EU. Průkaz koně vydá ÚEK do 28 dnů od doručení žádosti.

Anglickým plnokrevníkům a klusákům je průkaz vydán do 14 dnů ode dne kontroly totožnosti koně. Průkazy pro tato dvě plemena vydává Jockey Club, resp. Česká klusácká asociace - adresy a kontakt uveden v části "Kontakty"

Průkaz koně musí každého koně doprovázet při přesunech a musí být k dispozici v místě, kde je kůň držen. V tomto dokumentu musí být kromě preventivních, diagnostických, příp. léčebných veterinárních opatření zaznamenán i status koňovitého, tzn. zda je, či není určen pro lidskou spotřebu. V případě, že je kůň určen pro vstup do potravinového řetězce, je nutné, aby v průkaze byla zaznamenána stanovená léčba léčivy.

Průkaz koně nepotvrzuje vlastnictví koně. Průkaz koně zůstává v majetku vydávající organizace a po smrti koně musí být úředně zneplatněn a vrácen vydávající organizaci k archivaci. Majitel si následně může požádat o předání zneplatněného průkazu koně na památku.

Při ztrátě průkazu majitel nahlásí tuto skutečnost vydávající organizaci, která vydá na základě písemné odůvodněné žádosti duplikát průkazu koně do 5 dnů. Pokud byl průkaz vydán zahraniční chovatelskou organizací, je nutné žádat o vystavení duplikátu organizaci, která vydala originál. Pokud o duplikát žádá jiná osoba než evidovaný majitel, musí být prokázána identifikace koně a k žádosti musí být přiloženo písemné vyjádření předchozího majitele s odůvodněním, proč průkaz nepředal novému majiteli. Při vydání duplikátu průkazu je kůň vyloučen z porážky k lidské spotřebě. Pokud je do 30 dnů od ztráty průkazu doloženo, že kůň nebyl léčen zakázanými léčivy, bude do duplikátu průkazu vyznačena 6měsíční ochranná lhůta, kdy je kůň dočasně vyloučen z porážky k lidské spotřebě.

Duplikát průkazu je vystaven také v případě, kdy nebyl dodržen termín pro vystavení řádného průkazu koně a současně je doložen původ koně.

V případě, že dojde ke ztrátě průkazu, a totožnost koňovitého nelze zjistit, nebo v případě, kdy nebyl dodržen termín pro vystavení řádného průkazu koně a současně není doložen původ, vydá ÚEK náhradní identifikační doklad. Kůň je deklarován bez původu a plemenné příslušnosti a je vyloučen z porážky k lidské spotřebě.